Основными задачами отдела являются:

выполнение требований «Инструкции по обеспечению режима секретности в Российской Федерации», утвержденной постановлением Правительства Российской Федерации от 5 января 2004 г. № 3-1, других нормативных правовых актов в области защиты государственной тайны в Министерстве;

организация и ведение секретного делопроизводства.